非標(biāo)定量(Label-free) :
非標(biāo)定量是一種非標(biāo)記的差異蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù),不需要使用同位素標(biāo)記物標(biāo)記肽段,直接根據(jù)質(zhì)譜峰的信 號(hào)強(qiáng)度來(lái)對(duì)肽段或蛋白進(jìn)行相對(duì)定量。Label-free通過(guò)HPLC分級(jí)液質(zhì)聯(lián)用對(duì)酶解肽段進(jìn)行分析,現(xiàn)在基于質(zhì)譜的非標(biāo)定量 技術(shù)主要有兩種:一是根據(jù)一級(jí)質(zhì)譜相關(guān)的肽段峰強(qiáng)度以及峰面積等信息進(jìn)行蛋白定量,二是根據(jù)蛋白對(duì)應(yīng)肽段的二級(jí)質(zhì)譜 總數(shù)(spectral counts)進(jìn)行定量。
采用穩(wěn)定同位素標(biāo)記定量的方法,能夠精確的對(duì)蛋白表達(dá)水平進(jìn)行定量分析。然而,標(biāo)記定量的方法也存在某些不足之處: 包括,額外的樣品處理過(guò)程,昂貴的標(biāo)記試劑,不完全標(biāo)記導(dǎo)致樣品復(fù)雜化,低豐度多肽難以檢測(cè),可標(biāo)記樣品數(shù)量有限 等。作為替代,非標(biāo)記定量技術(shù)(LFQ,label-free quantification)能夠避免此類缺陷。
LFQ定量通常可采用兩種方式:
(1)譜圖計(jì)數(shù)法(Spectral counting),使用多肽被鑒定次數(shù)來(lái)代表對(duì)應(yīng)多肽的相對(duì)含量,進(jìn)而計(jì)算出對(duì)應(yīng)蛋白的相對(duì)表達(dá)量;
(2)母離子強(qiáng)度(precursor ion intensity),提取鑒定到的多肽在一級(jí)質(zhì)譜(MS1)中的色譜峰面積代表其相對(duì)含量,然 后計(jì)算出對(duì)應(yīng)蛋白的相對(duì)表達(dá)量。和標(biāo)記定量技術(shù)不同在于:標(biāo)記定量樣品預(yù)先混合并同時(shí)進(jìn)行LC-MS/MS檢測(cè),而LFQ技 術(shù)要求每個(gè)樣品獨(dú)立進(jìn)行制備和LC-MS/MS檢測(cè),因此準(zhǔn)確性和通量弱于標(biāo)記定量技術(shù)。
實(shí)驗(yàn)步驟
1.蛋白前期處理,包括去除核酸,蛋白純化定量,SDS聚丙烯酰氨凝膠電泳;
2.蛋白質(zhì)膠內(nèi)酶切;
3.多肽純化;
4.多肽混合物的質(zhì)譜分析,包括質(zhì)譜鑒定和定量信息比較;
5.生信分析。
結(jié)果展示
實(shí)驗(yàn)周期及交付標(biāo)準(zhǔn)
1.實(shí)驗(yàn)周期:4-6周
2.交付標(biāo)準(zhǔn):蛋白定量結(jié)果、鑒定結(jié)果、質(zhì)譜原始數(shù)據(jù)、生信分析結(jié)果(GO分析、KEGG分析等等)
需確認(rèn)的信息
1.樣本的種屬
2.樣本的類型(組織or細(xì)胞or血液)
3.樣本的數(shù)量及分組
4. 分析要求